Historia Najprawdopodobniej atol został odkryty przez Europejczyków już w XVI w. Mieli tego dokonać żeglarze hiszpańscy. Jedne źródła podają tu ekspedycję Ferdynanda Magellana i rok 1521John Pike: Clipperton – history, [w:] Globalsecurity.org ., co uczyniłoby Clipperton i niektóre wyspy Mikronezji pierwszymi obszarami Pacyfiku, do których dotarli Europejczycy. Inne, że wyspę odkrył Hiszpan Álvaro de Saavedra Cerón 15 listopada 1528 rokuJorge A. Vargas: Mexico and the Law of the Sea: Contributions and Compromises, vol. 69 (Publications on Ocean Development), Martinus Nijhoff Publishers, 2011 .Ione Stuessy Wright: Voyages of Alvaro de Saavedra Cerón 1527–1529, University of Miami Press, 1953.. Wyprawa ta została zlecona mu przez Hernána Cortésa, hiszpańskiego konkwistadora w Meksyku, w celu znalezienia drogi z kontynentu amerykańskiego na Filipiny oraz odszukania i uwolnienia załóg statków hiszpańskich, które rozbiły się w pobliżu Wysp Korzennych.