„Partyzanckie urojenia” nie były jednak jedyną przyczyną pacyfikacji. Böhler wskazuje, że w niektórych przypadkach wsie były niszczone w akcie zemsty za opór stawiany oddziałom Wehrmachtu przez żołnierzy Wojska Polskiego, zwłaszcza jeśli ci ostatni prowadzili walkę w oparciu o zabudowania danej miejscowości. Gen. Franciszek Skibiński, szef sztabu 10 Brygady Kawalerii, był przekonany, że palenie wsi służyło zwiększeniu chaosu po stronie polskiej, a przy okazji zapewnieniu nacierającym oddziałom niemieckim nocnego oświetlenia pola walki. Z kolei zdaniem Szymona Datnera palenie wsi i miasteczek stanowiło część składową taktyki terroryzowania ludności i paraliżowania woli oporu.
Przykłady „wrześniowych” pacyfikacji thumb|Wrzesień 1939, polscy chłopi prowadzeni na egzekucję. W tle płonąca wieś W pierwszym tygodniu wojny do licznych zbrodni doszło na ziemi częstochowskiej, gdzie ofiarą pacyfikacji padło 37 wsi. Między innymi, już 1 września żołnierze niemieckiej 19 DP doszczętnie spalili przygraniczne Zimnowodę i Parzymiechy. Historycy szacują, że w obu miejscowościach zamordowano od 113 do 191 osób, wśród nich wiele kobiet i dzieci.