Zdobył doświadczenie wojskowe, walczył w trzech głównych bitwach rewolucji amerykańskiej.
W lipcu 1775 roku Lincoln został wybrany na reprezentanta miasta Hingham, by pełnić funkcję w Generalnym Sądzie Massachusetts, organizowanym w Watertown na podstawie decyzji Kongresu Kontynentalnego. Ojciec Benjamina Lincolna, pułkownik Benjamin Lincoln, był członkiem Rady Jego Majestatu od 1753 do 1770 roku. Umarł w 1771 roku.
Rewolucja amerykańska Teatr Północny (1776-78) W 1776 roku Benjamin Lincoln awansował do generała brygady, a następnie do generała dywizji. Został dowódcą wszystkich oddziałów Massachusetts na obszarze Bostonu. Po brytyjskiej ewakuacji Bostonu, Lincoln dołączył do generała George’a Washingtona w Nowym Jorku i dowodził prawym skrzydłem w bitwie pod White Plains. W niedługim czasie, po działaniach bojowych przy Forcie Niepodległości (ang. Fort Independence), został mianowany generałem dywizji Armii Kontynentalnej.
W kwietniu 1777 roku został pokonany w bitwie pod Bound Brook przez dużo silniejszego wroga pod dowództwem lorda Cornwallisa. We wrześniu 1777, Lincoln dołączył do obozu Horatio Gatesa nieopodal Saratogi, by wziąć udział w bitwie pod Saratogą.