Podczas następnej bitwy pod Saratogą, Lincoln doznał urazu kostki u nogi (trafił w nią pocisk wystrzelony z muszkietu).
thumb
Teatr Południowy (1778–1781) Po powrocie do zdrowia, we wrześniu 1778, Lincoln został wyznaczony dowódcą Południowego Departamentu. 9 października 1779 roku uczestniczył w ataku na Savannah w stanie Georgia. Musiał wycofać się do Charleston w stanie Karolina Południowa, gdzie podjął się dowództwa nad garnizonem. W marcu miasto zostało otoczone przez pokaźną brytyjską siłę wysłaną z północnych kolonii. Po stosunkowo krótkim oblężeniu Lincoln został zmuszony do poddania się generałowi broni Henrykowi Clintonowi (dnia 12 maja 1780).
Lincoln pragnął zgromadzić więcej oddziałów. Jednak legislatura wolała rozpocząć negocjacje z brytyjskimi dowódcami i pozwolić brytyjskim siłom przejść przez Karolinę Południową.