Lincoln powrócił do głównej armii Washingtona, którą poprowadził na południe Wirginii i przyczynił się do kapitulacji Yorktown (19 października 1781). Tłumacząc się chorobą, lord Cornwallis nie wziął udziału w uroczystości poddania się. Wolał wysłać swojego zastępcę, irlandzkiego generała Charlesa O’Harę. W odpowiedzi, generał Washington nie zaakceptował szpady O’Hary i wysłał swojego podwładnego, Benjamina Lincolna, by ten przyjął kapitulację. (Więcej na ten temat znajdziesz w artykule: George Washington – Wojna o niepodległość)
Sekretarz Wojny (1781–1783) Od 1781 do późnych lat 1783 roku Lincoln pełnił funkcję pierwszego sekretarza wojny (ang. "Secretary of War"). Został wyznaczony przez Kongres Konfederacji, zgodnie z Artykułami Konfederacji.
Okres powojenny thumb|left|250px|Grobowiec generała Benjamina Lincolna, cmentarz Hingham w Hingham, Massachusetts
W 1787 roku Lincoln był członkiem konwencji stanu Massachusetts, która ratyfikowała Konstytucję Stanów Zjednoczonych. We wczesnych latach 1787 roku Lincoln pomógł położyć kres powstaniu rolników (Bunt Shays).