Prezbiterium zostało zbudowane wyżej, ponad poziomem gruntu, aby zrobić pod nim bramę przejazdową, przekrytą łękiem. Ten przejazd, nad którym w niszy widnieje obraz św. Mikołaja, jest zachowywany do dziś. Od strony północnej dobudowano do kościoła zakrystię, tzw. kaplicę Gerbera, wzmiankowaną po raz pierwszy w 1431.
Wieża kościelna była pierwotnie zwieńczona wysokim, szpiczastym hełmem, wysokim na 132 m, wówczas najwyższym w mieście. Hełm ten został zniszczony w wyniku huraganu w 1706 i zastąpiony niewysokim dachem czterospadowym, zwieńczonym barokową latarnią utrzymaną w stylu epoki. W 1758 poświęcono organy i ukończono ambonę.
Podczas trwającego cztery noce bombardowania w dniach 23 – 27 kwietnia 1942 wieża i nawa kościelna spłonęły doszczętnie a sklepienia runęły, ocalały tylko sklepienia prezbiterium. Zniszczeniu uległy również organy, jedyna w swoim rodzaju na terenie Rostocku ambona oraz płyty nagrobne i epitafiaArno Krause, Rostock w: Schicksale deutscher Baudenkmale im zweiten Weltkrieg, wyd. Götz Eckardt, Henschel-Verlag, Berlin, 1978. t. 1, s. 64-65. Udało się uratować jedynie kilka drewnianych rzeźb (św. Mikolaja i Chrystusa) oraz jeden z gotyckich ołtarzy, który, odrestaurowany, stoi dzisiaj w północnym ramieniu transeptu kościoła Mariackiego w Rostocku. W kościele św.