Mikołaja zachowała się część dawnych malowideł ściennych z początku XV w.

W 1948 poświęcono prezbiterium jako tymczasowy kościół. Korpus kościoła i wieża stały do 1976 jako ruiny, zabezpieczone jedynie prowizorycznym zadaszeniem. Ich odbudowa stała długo pod znakiem zapytania.

W 1974 wspólnoty parafialne św. Piotra i św. Mikołaja połączyły się. Postanowiono przy tym o zaprzestaniu używania kościoła św. Mikołaja jako kościoła parafialnego. Po 1976 rozpoczęła się jego zakrojona na szeroką skalę rekonstrukcja. W wieży kościelnej urządzono biura i pomieszczenia służbowe dla pracowników administracji kościelnej. Niezwykły jak na owe czasy projekt zrealizowano przy odbudowie dachu kościoła – zbudowano w nim trzy kondygnacje mieszkalne. Zaniechano przy tym rekonstrukcji sygnaturki po stronie wschodniej. Zrekonstruowano jednakże zniszczony wschodni szczyt nawy.

Po 1991 rozpoczęto prace przy odbudowie sklepień, zainstalowaniu systemu grzewczego, i wyłożeniu posadzki kościoła płytami z wapienia.

5 lipca 1994 miało miejsce uroczyste, ponowne otwarcie wnętrza świątyni;