W 1548 roku teoretyczne terytorium przyznane gubernatoratowi Chile przez Pedro de la Gasca, przewodniczącego Real Audiencia w Limie, rozciągało się między 27. a 41. równoleżnikiem szerokości południowej, mniej więcej w okolicach Copiapó i Osorno, oraz obejmowało obszar sięgający 100 lig na wschód od wybrzeża Pacyfiku. Granice te zostały potwierdzone w 1542 roku przez króla Karola I, który w 1554 roku, na prośbę Jerónimo de Alderete, rozszerzył południową granicę Chile aż do Cieśniny Magellana. Alderete został również w 1555 roku mianowany gubernatorem gubernatoratu Terra Australis, obok gubernatora Chile. W 1557 roku wschodnie wybrzeże Patagonii aż do Cieśniny Magellana zostało przyznane Jaime Rasquínowi, co doprowadziło do nakładania się jego roszczeń na obszar 100 lig przypisany Chile. W 1563 roku Tucumán oddzielono od Chile. W 1570 roku terytoria przyznane Rasquínowi przekazano Juanowi Ortizowi de Zárate, gubernatorowi Río de la Plata i Paragwaju, utrzymując tym samym nakładanie się roszczeń terytorialnych.
Autonomiczny region Araukanii, uznany za taki w 1641 roku podczas parlamentu w Quilín, był na papierze uznawany za część terytorium gubernatoratu.