Zezwolenie na założenie grupy wydano 17 listopada 1945 roku.
Do 1954 roku trwało odbudowywanie ruchu esperanckiego z zniszczeń wojennych, działo się to pod silną kontrolą władz – w tym okresie PZE nosił nazwę Związku Esperantystów w Polsce (esp. Asocio de Esperantistoj en Pollando, skrótowo ADP). W roku 1958 przywrócono obecną nazwę, co było możliwe dzięki odwilży poststalinowskiej.
Po 1959 roku znacznie szerzej wykorzystywano język w sferze kulturalnej, oświatowej i turystycznej oraz uformowano ówczesną strukturę stowarzyszenia. 4 kwietnia 1959 roku Polskie Radio zaczęło nadawać cykliczne audycje w języku esperanto, które zostały zlikwidowane w roku 2006. W latach 1945-1978 ukazało się ok. 250 książek w języku esperanto z łącznym nakładem około 820 tysięcy egzemplarzy.
W myśl Statutu celami PZE są: popularyzowanie języka esperanto; nauczanie języka esperanto; wspieranie i rozwój kultury esperanckiej; szerzenie idei zbliżenia między narodami za pomocą języka esperanto; wykorzystywanie języka esperanto do popularyzowania polskiej kultury i historii; pielęgnacja poczucia solidarności między ludźmi, bez względu na ich płeć, przynależność rasową, etniczną lub narodową, orientację seksualną, wyznanie lub bezwyznaniowość, niepełnosprawność, poglądy polityczne, status majątkowy i pochodzenie społeczne.