Od VI wieku ruszył proces chrystianizacji kraju. Utworzone zostały chrześcijańskie państwa Mukurra i Alwa, które przetrwały do XIII–XV wieku. Od VII wieku prowadzona była kolonizacja arabska z obszarów egipskich. Kolonizacja przyczyniła się do prawie całkowitego wyparcia chrześcijaństwa przez islam w przeciągu XV–XVI wieku. W XVI wieku utworzone zostały liczne państwa, utrzymujące się głównie z handlu niewolnikami. Wśród takich tworów znalazły się między innymi sułtanaty Kordofan, Dar Fur, Sennar. Południe kraju zamieszkiwali Niloci. W latach 1820–1821 północny i środkowy Sudan opanowała armia osmańskiego namiestnika Egiptu, Muhammada Alego. Opór przeciwko rządom osmańskim do 1874 roku stawiał Dar Fur. Rządy osmańskie wiązały się z masowym wywozem niewolników, upadkiem gospodarki i wyludnieniem kraju. W latach 60. rozpoczęła się kolonialna dominacja Wielkiej Brytanii. Brytyjczycy okupowali kraj pod pretekstem zwalczania handlu niewolnikami (zdelegalizowanego w 1863 roku). W latach 1881–1885 trwało antyegipskie i antybrytyjskie powstanie, na czele którego stanął Mahdi z Sudanu. W 1885 roku mahdyści utworzyli państwo ze stolicą w Omdurmanie. Następcą Mahdiego został Abdullahi, który proklamował świętą wojnę przeciwko sąsiadom.