Mahdyści w trakcie wojny pokonali sąsiednią Etiopię, ich sukcesy zatrzymała dopiero brytyjsko-egipska kampania wojskowa, zakończona sukcesem w 1899 roku. Po klęsce mahdystów Sudan formalnie stał się kondominium egipsko-brytyjskim (Sudan Anglo-Egipski), faktyczna władza należała jednak do Brytyjczyków. Władze kondominium podzieliły Sudan pod względem administracyjnym na część północną (islamską) i południową (ludność czarnoskórą i częściowo chrześcijańską), co sprzyjało utrzymaniu się istniejących antagonizmów wewnętrznych. W 1951 roku Egipt zerwał układ z Wielką Brytanią, a Faruk I ogłosił się królem Sudanu.
thumb|left|250px|Mapa Sudanu w latach 1956–2011, tj. przed separacją Sudanu Południowego W 1956 roku proklamowana została niepodległa . Od początku niepodległości głównym problemem Sudanu pozostawały antagonizmy między północą a południem. Wzajemna niechęć doprowadziła do wybuchu I wojny domowej. W 1958 roku doszło do zamachu stanu, w wyniku którego do władzy doszła junta wojskowa Ibrahima Abbuda. Reżim funkcjonował do 1964 roku. W 1966 roku południe wszczęło zbrojne powstanie. W 1969 roku miał miejsce kolejny wojskowy pucz. Władzę objął generał Dżafar Muhammad an-Numajri. Junta w 1972 roku doprowadziła do zawarcia porozumienia pokojowego z separatystami.