Kilkanaście dni przed napadem Niemiec na ZSRR, NKWD rozpoczęło masowe deportacje Litwinów na Syberię, które do wybuchu wojny objęły ok. 35 tysięcy osób.
W lipcu 1944 Armia Czerwona ponownie okupowała terytorium Litwy, przywracając Litewską SRR. Na terenach tego kraju osiadło wtedy wielu Rosjan, których potomkowie, w większości, pozostali tam do dziś.
Początkowo władze Litewskiej SRR prowadziły akcję lituanizacji mniejszości narodowych, jednak w 1950 r. władze centralne w Moskwie poleciły złagodzić politykę językową. W tym okresie zaczęto organizować na Litwie polskie szkolnictwo (szkoły podstawowe, średnie, seminarium nauczycielskie).
Powstał Ruch Walki o Wolność Litwy. Partyzantka litewska działająca w latach 1944–1953 (tzw. Leśni Bracia) była ruchem niepodległościowym łączącym zbrojny i cywilny charakter, stawiającym sobie za cel sprzeciwienie się aneksji Litwy przez ZSRR i budowę demokratycznej, niepodległej LitwyA.