1939 – kampania wrześniowa W sierpniu 1939 roku Florian Budniak został zmobilizowany do 8 pułku artylerii ciężkiej w Toruniu. Pułk ten wystawił 4 dywizjon artylerii ciężkiej pod dowództwem mjra Stefana Stachowskiego dla 4 Dywizji Piechoty początkowo pod dowództwem płk dypl. Tadeusza Lubicza-Niezabitowskiego. Zgodnie z polskim planem obronnym 4 Dywizja Piechoty weszła w skład Grupy Operacyjnej „Wschód” w składzie Armii „Pomorze” gen. Władysława Bortnowskiego. Jej zadaniem była osłona kierunku na Toruń. Wraz z 16 Dywizją Piechoty i Oddziałem Wydzielonym „Jabłonowo” zajęła pozycje na linii Grudziądz–Brodnica.
Florian Budniak walczył z Niemcami pod Grudziądzem, Kutnem, a w bitwie nad Bzurą w miejscowościach Sobota, Bielawy i pod Łowiczem. Pod Sochaczewem dostał się do niewoli niemieckiej, udało mu się z niej zbiec i uniknął w ten sposób wywózki do obozu.
Okres ZWZ i AK Nie mógł wrócić na poprzednie miejsce zamieszkania, więc przedostał się do Generalnego Gubernatorstwa i objął stanowisko leśniczego w Kobielach Wielkich koło Radomska. Zamieszkał wraz z żoną Stefanią („Stefa”) i córkami początkowo w bardzo skromnych warunkach. Wkrótce w ciągu kilku miesięcy wybudował jednopiętrowy dom w stylu góralskim.