Po abdykacji cesarza Wilhelma II zbiegł z armii niemieckiej i wrócił do Poznania.
Wstąpił do Rady Żołnierskiej i Robotniczej i wraz z innymi Polakami opracowywał plany zdobycia niemieckich koszar i innych obiektów wojskowych. Brał czynny udział w powstaniu wielkopolskim m.in. przy rozbrajaniu niemieckich oddziałów na poznańskim dworcu kolejowym i w zdobywaniu koszar. Po zdobyciu przez powstańców lotniska niemieckiego na Ławicy, sformowano na bazie przejętych tam samolotów polską kompanię lotniczą, a Józef Mańczak został jej dowódcą.
Awansowany na stopień podporucznika, brał udział jako dowódca 14 Eskadry Wywiadowczej w wojnie polsko-bolszewickiej, aż do zawarcia rozejmu. Zdał dowództwo w marcu 1921 roku po reorganizacji eskadry i służył dalej w 3 Pułku Lotniczym w Poznaniu. W lutym 1921 mianowano go na stopień porucznika, a w 1922 – kapitana. Był dowódcą 13 Eskadry Myśliwskiej (1924), 32 Eskadry Lotniczej (1925), pełnił kilkakrotnie obowiązki dowódcy dywizjonu. W lipcu 1929 ogłoszono jego przeniesienie do kadry oficerów lotnictwa z równoczesnym przeniesiem służbowym do Centrum Wyszkolenia Oficerów Lotnictwa w Dęblinie na stanowisko pełniącego obowiązki kwatermistrza, lecz później zarządzenie zostało anulowane.