Nowe władze zjednoczonych Niemiec postawił Keßlera w stan oskarżenia, m.in. za wydanie rozkazu strzelania do uciekinierów z Niemiec Wschodnich na Zachód. 16 września 1993 sąd w Berlinie uznał go winnym i skazał na siedem i pół roku więzienia. Były zastępca Keßlera – wiceminister obrony NRD gen. płk Fritz Streletz otrzymał wyrok pięciu i pół roku pozbawienia wolności. W 1996 Heinz Keßler opublikował swoje wspomnienia z tego okresu – O udziale osobistym. Pamiętniki (niem. Zur Sache und zur Person: Erinnerungen). 29 października 1998 został przedterminowo zwolniony z powodów zdrowotnych.
Awanse generalny inspektor – 1 listopada 1950 generał major (Generalmajor) – 1 października 1952 generał porucznik (Generalleutnant) – 1 października 1959 generał pułkownik (Generaloberst) – 1 marca 1966 generał armii (Armeegeneral) – 3 grudnia 1985