3 grudnia 1985 po nagłej śmierci gen. armii Karla-Heinza Hoffmanna został powołany na stanowisko ministra obrony narodowej NRD i członka Komitetu Ministrów Obrony Układu Warszawskiego z jednoczesną nominacją na stopień generała armii. W 1986 został członkiem Biura Politycznego SPJN, a w 1987 członkiem Narodowej Rady Obrony NRD.
W tym czasie w NRD trwał polityczny kryzys. Pod wpływem pieriestrojki w ZSRR na terenie Niemiec Wschodnich trwały masowe wiece. Pomimo potrzeby reform i zmian Politbiuro NRD nie reagowało, udając, że nic się nie dzieje. Miesiąc po uroczystościach z okazji czterdziestej rocznicy powstania NRD zostali zmuszeni do rezygnacji z zajmowanych stanowisk sekretarz generalny SED Przewodniczący Rady Państwa NRD Erich Honecker, a następnie premier NRD Willi Stoph. 17 listopada 1989 również Heinz Keßler został odwołany ze stanowiska ministra obrony narodowej NRD. Około miesiąca pozostawał w ministerstwie bez specjalnego przydziału, a 14 grudnia 1989 został zmuszony do przejścia na emeryturę.