Maria McKillop i „brązowe kangurki” (Brown Joeys) prowadziły również sierocińce, opiekowały się zaniedbanymi dziećmi, „dziewczętami w niebezpieczeństwie”, zakładami poprawczymi, domami starców oraz nieuleczalnie chorymi. Siostry zostały przygotowane do pójścia w środowisko rolników, górników i kolejarzy zamieszkujących australijski interior, aby zamieszkać wśród nich.
Ekskomunika W sierpniu 1871, dzień po spotkaniu z oponentem Mary, franciszkaninem Charlesem Horanem, biskup Laurence Sheil, który na początku jej pomagał, nałożył na nią karę ekskomuniki twierdząc, że Mary „podżega siostry do nieposłuszeństwa i buntu”. Polecił jej „powrót do świata”. Zamierzał także rozwiązać zakon. Pół roku później, na krótko przed śmiercią, biskup polecił, by znieść karę, co stało się 23 lutego 1872. Wkrótce Episkopat Australii całkowicie zwolnił ją z kary.
Kontrowersje i aprobata W 1873 roku MacKillop udała się do Rzymu, aby oficjalnie zatwierdzić reguły zakonne Sióstr Świętego Józefa. Papież Pius IX uznał ją za założycielkę zgromadzenia józefitek. Władze w Rzymie poczyniły zmiany w regule zakonu w zakresie życia zakonnic w ubóstwie. Zapewniły przy tym, że zasady siostry MacKillop zostaną ostateczne zatwierdzone po okresie próbnym.