Zmiana zasad spowodowała rozłam między MacKillop i ojcem Tenisonem Woodsem, który obwinił ją o zmianę pierwotnych zasad. W 1875 jednomyślnie wybrano ją po raz kolejny przełożoną zakonu, jednak brak zrozumienia dla życia wśród ubogich wciąż wywoływał kontrowersje wśród duchownych preferujących strukturę hierarchiczną, których raziło egalitarne podejście w wewnętrznej organizacji zakonu. Zmieniło się to nieco po nominacji arcybiskupa Sydney, Rogera Vaughana w 1877, lecz po jego śmierci w 1883 wpadła w konflikt z biskupem Adelaide Christopherem Reynoldsem, dopiero ostateczna aprobata ze strony papieża Leona XIII w 1888 zapobiegła kryzysowi. Choć Mary MacKillop wciąż opierała się na charytatywności i jałmużnie, odnosiła wiele sukcesów w rozwoju zgromadzenia i obejmowania opieką potrzebujących.
Śmierć, beatyfikacja i kanonizacja Potem zaczęła chorować na reumatyzm, w 1902 dostała wylewu i została częściowo sparaliżowana. Zmarła 8 sierpnia 1909. Po jej pogrzebie na cmentarzu Gore Hill ludzie ciągle zabierali ziemię wokół jej grobu. W rezultacie jej szczątki zostały ekshumowane i przeniesione 27 stycznia 1914 przed ołtarz Matki Bożej w nowo wybudowanym Memorial Chapel w Mount Street w Sydney.