W 1800 r. krynickie źródła przeszły na własność rządu austriackiego, pod zarząd komunalny dóbr muszyńskich, który nie mogąc znaleźć dzierżawcy postanowił poprowadzić zdrojowisko we własnym zakresie. W tym celu wzniesiony został w 1805 r. drugi, większy dom mieszkalny oraz wybudowano pierwszych 9 kabin kąpielowych. W tym roku Krynica zanotowała pobyt 180 gości. W 1806 r. wybudowano pierwszą drewnianą pijalnię wody mineralnej (istniejąca do dziś „Słotwinka”). Za rzeczywistą datę powstania krynickiego uzdrowiska należy jednak uznać 1807 r., kiedy to dr Jan Nennel został mianowany pierwszym lekarzem uzdrowiskowym.
Z tego czasu pochodzą pierwsze naukowe opisy wód krynickich, które w 1806 r. wykonał Józef August Schultess, profesor Uniwersytetu Jagiellońskiego. Ponownie obudowano źródła i ustalono pierwsze strefy ich ochrony, obejmujące teren o promieniu 150 kroków. Wybudowano proste łazienki i kilka kolejnych domów dla kuracjuszy, uregulowano prowizorycznie Kryniczankę. Powstał nawet projekt wytwórni naczyń do wysyłki wód poza uzdrowisko. Pomimo to liczba kuracjuszy, która w 1810 r. wyniosła 530 osób, w następnych latach nie zwiększała się.