Piętnaście lat później, 1 kwietnia 1899, niemiecki rząd oficjalnie przejął kontrolę nad tymi ziemiami, ustanawiając nad nimi swój protektorat. 30 lipca tego samego roku Niemcy podpisały traktat z Hiszpanią, na mocy którego przejęły kontrolę nad kilkoma kolejnymi archipelagami na Pacyfiku. W 1906 jako ostatnie do Nowej Gwinei Niemieckiej zostały włączone Wyspy Marshalla.
Po wybuchu I wojny światowej wojska australijskie zajęły niemiecką część Nowej Gwinei oraz pobliskie wyspy. Niemieckie wyspy na Pacyfiku zajęte zostały przez Japończyków. Na mocy ustaleń traktatu wersalskiego z 1919 Niemcy utraciły wszystkie swoje posiadłości kolonialne. Ziemia Cesarza Wilhelma i pobliskie wyspy otrzymały status terytorium mandatowego pod administracją australijską (Nowa Gwinea Australijska), w 1949 połączona została z położonym bardziej na południe terytorium Papui. Obecnie stanowią niepodległe państwo Papua-Nowa Gwinea. Pozostała część Nowej Gwinei Niemieckiej, a mianowicie wyspy na Pacyfiku, były aż do II wojny światowej japońskim terytorium mandatowym. Po 1945 administrację nad nimi przejęły Stany Zjednoczone. Obecnie tworzą one niepodległe państwa stowarzyszone z USA: Palau, Federacja Mikronezji i Wyspy Marshalla.