Podczas El Niño pasaty słabną nad środkowym i zachodnim Pacyfikiem. Powoduje to zahamowanie upwellingu, czyli podnoszenia się chłodnych wód głębinowych we wschodniej części oceanu, a tym samym wzrost temperatury wód powierzchniowych oceanu i wilgotności powietrza w rejonie zachodniego wybrzeża Ameryki Południowej. Jednocześnie obniża się temperatura wody i wilgotność powietrza na zachodnim Pacyfiku. Obserwowane są intensywne, często katastrofalne opady w Andach, przy jednoczesnym zmniejszeniu opadów nad Azją południowo-wschodnią i północną Australią, co skutkuje suszami w tych rejonach.
Wpływ na połowy ryb w Ameryce Południowej Wzdłuż zachodniego wybrzeża Ameryki Południowej pasaty wiejące ze wschodu sprzyjają wypiętrzaniu chłodnych, bogatych w odżywcze składniki warstw wody. Ławice ryb w tych warunkach znajdują korzystne warunki do rozwoju. To z kolei sprzyja rozwojowi populacji ptactwa, których odchody tworzą pokłady wykorzystywanego jako nawóz rolniczy guana. Co pewien czas ze względu na zahamowanie upwellingu ciepła, uboga w składniki odżywcze woda pochodzenia tropikalnego, zastępuje wody chłodne. Zjawisko to zachodzi często w czasie świąt Bożego Narodzenia, stąd nazwa El Niño. Zwykle ocieplenie wód występuje przez kilka tygodni lub nieco ponad miesiąc, po czym cyrkulacja poprawia się i połowy ryb wracają do normy.