Jednak gdy El Niño trwa miesiącami, dochodzi do znaczniejszego ocieplenia wód i efekty ekonomiczne mogą być katastrofalne. Konsekwencją zahamowania upwellingu jest wstrzymanie rozwoju łańcucha pokarmowego od planktonu przez ryby, ptaki aż do załamania przemysłu rybnego. Gospodarka Peru, która była i jest w znacznym stopniu zależna od wielkości połowów ryb, szczególnie ostro odczuwa negatywne implikacje El Niño.
Wpływ na klimat El Niño, choć obserwowany głównie na Pacyfiku, ma prawdopodobnie wpływ na całą Ziemię, gdyż masy ciepłej i zimnej wody krążą po całym wszechoceanie. Jeśli ich kierunek zmieni się w jednym miejscu, zmienia się on wszędzie. Na suchych wybrzeżach Ameryki Południowej występują ulewne deszcze. Z kolei w zwykle wilgotnych rejonach Azji południowo-wschodniej i Australii północnej występują susze. Niektóre hipotezy wiążą pojawianie się El Niño z chłodniejszymi, śnieżnymi zimami w Stanach Zjednoczonych, suchszymi i gorętszymi latami we wschodniej części Ameryki Południowej, a nawet Europie, oraz suszami w Afryce. Podczas jednego z ataków El Niño zachodnią część Ameryki zalały powodzie.