Simpson dopuszczał możliwość, że Sebecus należał do nowego podrzędu krokodyli (w szerokim rozumieniu; obecnie na określenie tego kladu częściej używa się nazwy Crocodyliformes) dla którego zaproponował nazwę Sebecosuchia; uważał jednak za bardziej prawdopodobne, że Sebecosuchia były odrębnym rzędem w obrębie archozaurów i że ostatni wspólny przodek krokodyli i Sebecosuchia żył w triasie lub jeszcze wcześniej. Colbert (1946) uznał jednak, że znane skamieniałości S. icaeorhinus mają wystarczająco dużo cech wspólnych z krokodylami (w szerokim rozumieniu) by zasadne było uznane Sebecosuchia za podrząd krokodyli. Jednocześnie Colbert zasugerował bliskie pokrewieństwo rodzaju Sebecus z rodzajem Baurusuchus i zaliczył do Sebecosuchia także rodzinę Baurusuchidae. W późniejszych publikacjach większość autorów zgadzała się z wnioskiem Colberta, uznając rodziny Sebecidae i Baurusuchidae za blisko spokrewnione i tworzące klad Sebecosuchia, w obrębie którego niekiedy wyróżniano też rodziny Bretesuchidae i Bergisuchidae. Niektóre analizy kladystyczne potwierdzają bliskie pokrewieństwo rodzaju Sebecus i rodziny Baurusuchidae, inne sugerują jednak, że Sebecus mógł być bliżej spokrewniony z rodziną Peirosauridae.