Według wszystkich analiz kladystycznych Sebecus należał do kladu Mesoeucrocodylia; z nielicznymi wyjątkami wszystkie analizy sugerują jego przynależność do Metasuchia. Nie jest jednak pewne, do którego z dwóch siostrzanych kladów tworzących Metasuchia należał: do Notosuchia (tj. kladu obejmującego wszystkich przedstawicieli Crocodyliformes bliżej spokrewnionych z Notosuchus terrestris niż z krokodylem nilowym) czy do Neosuchia (tj. kladu obejmującego wszystkich przedstawicieli Crocodyliformes bliżej spokrewnionych z krokodylem nilowym niż z Notosuchus terrestris).
Współcześnie z S. icaeorhinus na obszarze dzisiejszej prowincji Chubut występowały m.in. krokodyle z rodzaju Eocaiman, węże z rodzaju Madtsoia, żółwie bokoszyjne z rodzaju Hydromedusa i płazy bezogonowe z rodzaju Caudiverbera; występowanie takiej fauny sugeruje, że w czasach S. icaeorhinus obszar ten był poprzecinaną rzekami niziną, gdzie panował wilgotny klimat z wysokimi temperaturami powietrza. Colbert (1946) uważał, że Sebecus i inne krokodylomorfy z grupy Sebecosuchia były ziemnowodne tak samo jak przedstawiciele kladu Eusuchia;