Pierwszym dyrektorem instytucji był bibliotekarz, bibliofil i historyk książki Zygmunt Mocarski. Książnica Miejska była największą publiczną biblioteką naukową w województwie pomorskim. Jej zbiory były systematycznie uzupełniane o egzemplarze obowiązkowe druków wydawanych w województwie (od 1927), dary, depozyty oraz księgozbiory z innych bibliotek (np. Gimnazjum Żeńskiego w Toruniu). Do wybuchu II wojny światowej biblioteka gromadziła wyłącznie publikacje naukowe. Zbiory udostępniano na miejscu, w wyjątkowych okolicznościach zgadzano się na je wypożyczanie na zewnątrz.
II wojna światowa W połowie września 1939 roku zarząd nad Książnicą przejęły niemieckie władze okupacyjne. Biblioteka została przekształcona w Stadtbücherei (Bibliotekę Miejską), przez dłuższy okres pełniła funkcję biblioteki naukowej, gromadzącej głównie piśmiennictwo dotyczące obszar dawnej prowincji pruskiej. Tymczasowym zarządcą instytucji został Wilhelm Kerber. Biblioteka ponownie została uruchomiona w lutym 1940 roku. Stanowisko dyrektora objął Otton Freymuth. Książki i czasopisma w języku polskim przeniesiono do piwnicy gmachu przy ul. Wysokiej, ale wbrew zaleceniom niemieckich władz okupacyjnych publikacje te nie zostały zniszczone. W 1944 roku rozpoczęto ewakuacje najcenniejszych zasobów Stadtbücherei.