Najbardziej wartościowe obiekty (rękopisy z XV wieku, druki toruńskie, inkunabuły) złożono do 36 skrzyń, które następnie wywieziono do Marburga.
Podczas II wojny światowej polskie zbiory przetrwały bez znaczących strat. W 1947 roku odzyskano 32 skrzynie wywiezione do Marburga.
Po 1945 roku Pierwszą powojenną kierowniczką Książnicy została Janina Przybyłowa. Po zakończeniu II wojny światowej głównym zadaniem Książnicy było uporządkowanie zbiorów i ustalenie ewentualnych braków. W marcu 1945 roku uruchomiono czytelnię dla torunian oraz rozpoczęto organizowanie filii bibliotecznych w mieście. 19 listopada 1947 roku na mocy decyzji Miejskiej Rady Narodowej w Toruniu Książnica otrzymała status biblioteki publicznej miasta Torunia. 27 listopada 1947 roku Województwa Rada Narodowa powierzyła jej funkcję biblioteki wojewódzkiej województwa pomorskiego. Książnica utraciła tę funkcję w 1950 roku, po utworzeniu województwa bydgoskiego.