Obie sceny narodowe grały do pierwszych dni września 1939 roku, kiedy teatr spłonął w czasie oblężenia Warszawy. Prowizorycznie zabezpieczony, spalił się znów w czasie powstania warszawskiego, w 1944 roku, wraz z całą Warszawą. Ze wspaniałego budynku ocalały fasada i fragmenty bocznych skrzydeł.
Odbudowa po wojnie Gmach Teatru Narodowego oddano po wojnie Wojsku Polskiemu, które sfinansowało jego odbudowę. Instytucja wznowiła swoją działalność 12 października 1949 (w rocznicę bitwy pod Lenino), dramatem Jegor Bułyczow i inni Maksyma Gorkiego. Do współpracy zaproszono Leona Schillera. Reżyser powtórzył swoją inscenizację sprzed paru lat, Krakowiaków i Górali Wojciecha Bogusławskiego – śpiewogrę, która wystawiona w Teatrze Narodowym w 1794 odegrała dużą rolę w czasie insurekcji kościuszkowskiej.