Prototyp M-346-001 zaraz po starcie z lotniska w Dubaju, w wyniku awarii spadł do morzaPiotr Butowski, Dubai Airshow 2011, „Lotnictwo”, nr 1 (2012), s. 26–35, . W 2011 roku trwały intensywne badania zachowania się samolotu w warunkach bardzo wysokich temperatur powietrza. W tym celu Master został przebazowany do Kuwejtu, gdzie podczas trzytygodniowych badań, samolot wykonywał trzy loty dziennie w temperaturze powietrza przekraczającej +50 °C. Testowano również działanie systemów samolotu w trakcie prób naziemnych, kiedy to wnętrze nieosłoniętej kabiny maszyny nagrzewało się na słońcu do temperatury dochodzącej do +70 °C. Testy przebiegły pomyślnie i zgodnie z oczekiwaniami producentaJerzy Gruszczyński, Maciej Stanecki, Samolot szkolno-bojowy Alenia Aermacchi w Polsce, „Lotnictwo”, nr 10 (2011), s. 42–43, . 11 maja 2013 roku w wyniku katastrofy utracono kolejną maszynę. Przedseryjny egzemplarz C.P.X617, za sterami którego siedział pilot Matteo Maurizio rozbił się niedaleko Piana Crixia w północnych Włoszech. Pilot zdołał się bezpiecznie katapultować, jednak doznał obrażeń podczas lądowania na spadochronie. Po katastrofie zawieszono loty M-346 na trzy miesiące.
M-346FT