Pierwsze 12 godzin na orbicie przeznaczono na rozłożenie masztu oraz przygotowanie systemu do zbierania danych. Samo zbieranie trwało 10 dni i wymagało 149 okrążeń Ziemi. Dane zapisywane były z prędkością 45 Mb/s na specjalnych nośnikach pamięci. Równocześnie położenie promu było precyzyjnie monitorowane z pięciu stacji naziemnych położonych w Stanach Zjednoczonych (3) oraz Australii i Niemczech (po jednej). Razem, w czasie całej misji STS-99, zebrano ponad 12 terabajtów danych. Dane pokrywały 99,94% zakładanego obszaru, przy czym 94,59% tego obszaru zobrazowano przynajmniej 2 razy, zaś 50% przynajmniej 3 razy. 0,06% niezobrazowanego obszaru położone było w Stanach Zjednoczonych i zostało później uzupełnione innymi danymi.
Prom Endeavour powrócił na Ziemię 22 lutego 2000 roku o godzinie 6:22. Zaraz po zakończeniu misji STS-99 wszystkie taśmy (łącznie ponad 300 nośników) zostały przekazane do skomplikowanej i wieloetapowej obróbki. Przetwarzanie danych trwało 18 miesięcy, co pozwoliło na ogłoszenie w sierpniu 2001 roku zakończenia misji SRTM i umieszczenie w internecie danych z pasma C.