Druga wersja danych thumb|Porównanie 1 i 2 wersji danych dla okolic Szczecina Choć wynikowe dane charakteryzowały się z reguły dość dobrą dokładnością, to na obszarach zbiorników wodnych i terenach górzystych ich jakość była wyraźnie niższa. Aby poprawić ten stan rzeczy, krótko po opublikowaniu danych NASA zleciła opracowanie drugiej wersji modelu SRTM, który udostępniono w lipcu 2004 roku na tych samych warunkach, co wersję pierwszą. Zmiany w wersji drugiej to:
opracowanie maski dla oceanów, mórz oraz większych jezior, rzek i innych zbiorników wodnych (tj. wyrównanie ich powierzchni), zdefiniowanie wysokości brzegu na poziomie co najmniej o 1 metr wyżej niż wysokość zbiornika wodnego, wypełnienie tzw. luk danych (ang. data voids) o wielkości poniżej 16 pikseli, redukcja błędów losowych (błędów dotyczących pojedynczych pikseli).
Produkty misji Ogólna charakterystyka Wysokości w SRTM-C odniesione są do geoidy EGM-96, natomiast położenie pikseli zapisane jest względem elipsoidy WGS 84. Wysokości w SRTM-X odniesione są do elipsoidy WGS 84. Pliki posegregowane są w folderach według kontynentów, a ich nazwa odnosi się do współrzędnych geograficznych południowo-zachodniego rogu danego rastra.