Warunki naturalne Rozciągłość zabudowań miejskich w kierunku południkowym wynosi ok. 7,6 km, a w kierunku równoleżnikowym ok. 6,4 kmKłodzko. Dzieje miasta, pod red. R. Gładkiewicza, Kłodzko 1998, s. 240.. Oś całego zespołu miejskiego wyznacza Nysa Kłodzka wraz z dopływami. W samym mieście od Nysy oddziela się Młynówka, obejmująca dużą wyspę, na której leży dawne Przedmieście Piasek oraz osiedle Nysa.
Przebieg procesów tektonicznych na obszarze północno-wschodniej ziemi kłodzkiej przyczynił się do tego, że lekko na północny wschód od centrum Kotliny Kłodzkiej zbiegają się doliny wszystkich ważniejszych rzek regionu, zasilanych z okolicznych gór. Już w południowo-zachodniej części miasta do Nysy Kłodzkiej uchodzi Bystrzyca Dusznicka, zaś przed samym Kłodzkiem – Biała Lądecka. W samym mieście do rzeki dołączają niewielkie potokiKłodzko. Dzieje miasta, op. cit., s. 26..
Budowa geologiczna thumb|140px|Szczyt Kłodzkiej Góry