W XVII wieku trzy razy wybuchały pożary niszczące miasto, miasto było rabowane przez maszerujące wojska, a epidemia zdziesiątkowała mieszkańców, w 1772 r. mieszkało tu tylko 602 mieszczanJarosław Ellwart "Powiat kościerski, mapa turystyczna" Wydawnictwo Region Gdynia 2012 . mały|Widokówka z czasów zaborów Do XIX wieku był to ośrodek rejonu rolniczego. Od 1775 r. siedziba pruskiej administracji leśnejKrzysztof Jażdżewski Pruska administracja leśna na obszarze Nadleśnictwa Kościerzyna.. W 1818 r. Kościerzyna stała się siedzibą rozległego powiatu (Landkreis Berent), do miasta napłynęła okoliczna ludność kaszubska oraz rzemieślnicy i urzędnicy z Niemiec. Działała tu szkoła dla dziewcząt, seminarium nauczycielskie oraz progimnazjum męskie. Od połowy XIX wieku ważny ośrodek polskości na Kaszubach oraz miejsce rozwoju idei kaszubskich, na początku XX wieku rozwinął się ruch Młodokaszubów.