W wojnie obronnej 1939 walczył na czele 7. kompanii 22 Pułku Piechoty 9 DP w rejonie Jeziora Koronowskiego, pod Bydgoszczą i Kutnem, w pasie natarcia XIX Korpusu Pancernego gen. Heinza Guderiana. Jego kompania wyróżniła się w boju, a on sam podczas walk był dwukrotnie ranny (4 września w plecy przypadkowym odłamkiem z działa czołgowego, 19 września podczas nalotu na szpital, w którym leżał)Lech Kowalski, Generałowie, Wydawnictwo PAX, Warszawa 1992, s. 57.. Za wykazane męstwo w walce dopiero po 7 latach został odznaczony Krzyżem Srebrnym Orderu Virtuti Militari. Po dostaniu się do niewoli niemieckiej początkowo przebywał w szpitalu polowym w Dobrzelinie, a następnie w szpitalu pod Berlinem, skąd przetransportowany został do oflagu w Brunszwiku. W latach 1941–1945 był osadzony w Oflagu II C w Woldenbergu; uczestniczył w obozowym ruchu oporu organizowanym przez Armię Krajową, ukończył również tajny kurs obserwatorów lotniczychRzeczpospolita Podchorążacka, kwartalnik Koła Przyjaciół Szkoły Podchorążych Piechoty w Komorowie, nr 2 (VIII), 1998..
W styczniu 1945 obóz został przez Niemców stopniowo ewakuowany w kierunku Lubeki, gdzie Roman Paszkowski doczekał wyzwolenia przez Brytyjczyków.