W roku 1526 Grünewald dostał ostatnią zapłatę z książęcego skarbca. Wyjechał do Frankfurtu nad Menem, gdzie pracował prawdopodobnie jako mydlarz i handlarz farb, a później w Halle jako inżynier przy budowie młynów wodnych. W lecie 1527 roku sporządził testament. Przekazał opiekę nad swoim pięcioletnim adoptowanym synem Endresem i pięć skrzyń swojego majątku Hansowi von Saarbrücken. 1 września 1528 roku rada miasta Halle dostała wiadomość o śmierci Grünewalda. W skrzyniach, oprócz dworskich ubrań, narzędzi i farb znaleziono 12 artykułów o bitwach chłopskich, 27 kazań Marcina Lutra i jego Nowy Testament (wydany w języku niemieckim).
thumb|center|600px|Ołtarz z Isenheim (fragment widoku trzeciego; bez części środkowej, rzeźbionej w drewnie lipowym), skrzydło lewe: Wizyta Świętego Antoniego u Świętego Pawła, 265 × 141, skrzydło prawe: Kuszenie Świętego Antoniego, 165 × 141 cm thumb|Kuszenie św. Antoniego, prawe skrzydło Ołtarza z Isenheim, 1512-16 thumb|Trójjednia zła,(Das Dreifachportrait Trias Romana). 1525.Kreda na papierze, 272 × 199 mm,Staatliche Museen, Berlin