Według innej wersji aresztowanie Pimena nastąpiło dopiero w 1937, w czasie fali zatrzymań duchownych, w ramach wielkiej czystki. W tej wersji przyszły patriarcha miał trafić do łagru w Dmitrowie (obwód moskiewski). Jego umiejętności weterynaryjne sprawiły jednak, iż nie był bezpośrednio kierowany do prac przy budowie kanału Moskwa–Wołga, lecz odpowiadał za stan zdrowia wykorzystywanych przez więźniów koni. Po likwidacji obozu w Dmitrowie w styczniu 1938 został wywieziony do Uzbekistanu. Mógł podjąć pracę i co najmniej od 1939 był inspektorem sanitarnym w Andiżanie, w roku tym uczestniczył nawet w odbywającej się w Moskwie konferencji pracowników szkoleń sanitarnych; nie miał natomiast możliwości uczestnictwa w nabożeństwach prawosławnych z powodu braku czynnej świątyni w miejscu osiedlenia. Latem 1940 Pimen (Izwiekow) podjął dodatkowo naukę na wydziale literatury wieczorowego instytutu pedagogicznego w Andiżanie. W październiku tego samego roku powierzono mu prowadzenie zajęć w miejscowej szkole nr 1. Ostatecznie duchowny ukończył jedynie pierwszy rok podjętych studiów, dalsze kształcenie uniemożliwił mu atak III Rzeszy na ZSRR i mobilizacja.