W 1799 nagrodzony portretem cara i został honorowym starostą z prawem dziedziczenia starostwa przez potomnych Korsunia (gubernia Kijowska, pow. bogusławski). Otrzymał też brylanty do Orderu św. Andrzeja Pierwszego i 19 stycznia 1799 tytuł księcia Imperium Rosyjskiego. Po tym podał się do dymisji, która jednak w lipcu 1799 została odrzucona.
Córka Anna była faworytą cara.
Wraz z wejściem na tron Aleksandra I w 1801 Łopuchin został powołany do Rady Państwa. W dzień koronowania cara został wyróżniony tabakierą z jego podobizną. W 1803 został ministrem sprawiedliwości i szefem komisji do spraw wydawania ustaw. W końcu 1806 nagrodzony orderem św. Włodzimierza I stopnia. W styczniu 1807, podczas gdy stał na czele Komitetu ds. zachowania bezpieczeństwa publicznego, badał przypadki zdrady stanu, rozpowszechniania „nieprawdziwych i szkodliwych plotek”, a także działalności tajnych stowarzyszeń. Od 1810 roku był przewodniczącym Departamentu Spraw Cywilnych i Religii Rady Państwa. W 1812 – przewodniczący Departamentu Prawa i innych służb. Od 1816 – Przewodniczący Rady Państwa i Komitetu Ministrów. W 1826 przewodniczący Oddziału Najwyższego Trybunału Karnego rozpatrującego sprawy dekabrystów.
Pochowany w swoim majątku w Porchowie, w guberni pskowskiej.