Jest to gatunek gryzonia z rodziny kawiowatych. Niektórzy autorzy umieszczają kapibarę wielką w monotypowej rodzinie kapibar (Hydrochoeridae lub Hydrochaeridae).
Nazewnictwo narodowe Nazwa capybara pochodzi z języka guarani: kapiÿva (lub capi-uara: capi = „trawa” + uara = „właściwy do” lub „odpowiedni do”) i po raz pierwszy została użyta w piśmiennictwie w 1648 przez niemieckiego przyrodnika Georga Marggrafa, który określił tak gatunek zwierząt żyjących w okolicach Pernambuco w Brazylii. Na całym obszarze występowania kapibar lokalne nazewnictwo jest zróżnicowane. W północnej części Argentyny używane są nazwy capibara lub capivara, zaś na południu capiguara i carpincho. W Kolumbii – w zależności od regionu: capibara (Amazonia), dia-baj (Tucumo), capybara i julo (departament Caquetá i tereny plemion ), capibara i jesús (w południowej części regionu stowarzyszonych miast Ariari w departamencie Meta), chigüiro, tanacoa, pataseca, bocaeburro i culopando (w intendencji Arauca-Casanare), ponche i cabiari (rejon rzeki Magdalena), oraz sancho (departament Cauca). W Panamie – poncho, w Paragwaju – carpincho, capybara i capiguara, w Peru: ronsoco, samanai i capibara, w Wenezueli: chigüire, capigua, capiba, kiato, chindó, chindoco, zaś w Gujanie Francuskiej: cochon d'eau (fr. świnia wodna) lub cabiai.