W Surinamie Indianie nazywają kapibarę cabiai, zaś w języku surinamskim używane jest słowo kapoewa.
Pierwotna klasyfikacja Linneusza – Sus – ma konsekwencje w postaci funkcjonujących do dziś nazw narodowych: ang.: Water Pig, hol.: Waterzwijn.
W wydanej w 2015 roku przez Muzeum i Instytut Zoologii Polskiej Akademii Nauk publikacji „Polskie nazewnictwo ssaków świata” gatunkowi nadano nazwę kapibara wielka, rezerwując nazwę kapibara dla rodzaju tych gryzoni.
Genetyka Garnitur chromosomowy H. hydrochaeris wynosi 66 chromosomów. Kariotyp kapibary małej (Hydrochoerus isthmius) – drugiego z gatunków należących do rodziny Hydrochoerus – jest inny. Osobnik tego gatunku złapany w basenie wenezuelskiego jeziora Maracaibo posiadał 2n=64 chromosomy, co może być wynikiem inwersji pericentrycznej H. hydrochaeris i translokacji typu Robertsona.
Budowa ciała Kapibara wielka jest największym z żyjących współcześnie gryzoni. Paleontolodzy znają tylko dwa, dawno wymarłe gatunki gryzoni (Josephoartigasia monesi i Phoberomys pattersoni z rodziny pakaranowatych), które były większe od współczesnego H. hydrochaeris. Kapibary mierzą od 100 do 130 cm długości;