Toteż mieszczanie toruńscy już w 1430 przy pomocy załogi zamku krzyżackiego zniszczyli Nieszawę. Osada podniosła się ze zniszczeń po powrocie do Korony i zaczęła względnie dobrze prosperować. Niedługo jednak, w lutym 1454, mieszczanie toruńscy wystąpili na czele Związku Pruskiego przeciw Krzyżakom, zdobyli toruński zamek krzyżacki, rozpoczynając tym samym wojnę trzynastoletnią. Jednocześnie postawili ultimatum królowi polskiemu, żądając przywilejów handlowych oraz zniszczenia Nieszawy w zamian za oddanie Torunia pod lenno króla polskiego.
Ostatecznie Nieszawę przeniesiono w 1460 ok. 30 km w górę Wisły do miejsca, gdzie się znajduje obecnie. Jednak prawdopodobnie część mieszkańców nie opuściła zdegradowanej do rangi wsi osady, zwanej odtąd Starą Nieszawą, na bazie której powstał w 1555 roku Podgórz. Tak więc Nieszawa w ciągu nieco ponad 200 lat zmieniła swe położenie dwa razy, przesuwając się blisko 40 km w górę Wisły. Nowe położenie miasta okazało się korzystne, w ciągu XV i XVI w. nastąpił rozwój Nieszawy jako ośrodka handlu zbożem, któremu kres położyły najazdy szwedzkie w drugiej połowie XVII w.