W 1793 miasto znalazło się w granicach zaboru pruskiego, od 1807 do 1815 w Księstwie Warszawskim, następnie w Królestwie Polskim (zabór rosyjski).
20 sierpnia 1933 miejscowa przeprawa promowa zaczęła być obsługiwana jednostką z silnikiem, którą nazwano imieniem wojewody warszawskiego Stanisława Twardo.
Podczas II wojny światowej Nieszawa znajdowała się pod okupacją niemiecką od września 1939 do stycznia 1945 r. Od października 1939 do stycznia 1940 Niemcy dokonywali mordów Polaków na boisku w Nieszawie, a w grudniu 1939 wysiedlili około 1000 Polaków. Dalsze wysiedlenia prowadzono w 1940, a w miejsce wysiedlonych Polaków osiedlano Niemców.
Nieszawa została zajęta przez Armię Czerwoną w dniach 21/22 stycznia 1945 roku, co zakończyło okres okupacji niemieckiej. Pozostałe na miejscu osoby pochodzenia niemieckiego uwięziono w budynku byłej komory celnej. W nocy z 8 na 9 kwietnia 1945 r. ok. 15 osób spośród zatrzymanych zostało zabitych. Sprawcami mordu byli miejscowi milicjanci oraz funkcjonariusze Powiatowego Urzędu Bezpieczeństwa Publicznego z Aleksandrowa Kujawskiego. Wśród ofiar byli cywile: mężczyźni, kobiety i dzieciTimothy Snyder, Skrwawione ziemie: Europa między Hitlerem a Stalinem, przeł. Bartłomiej Pietrzyk, Warszawa: Świat Książki 2011..