Dotarł tam 10 września razem z Ruggierim. W zachodniej części miasta, nad rzeką Xi Jiang wybudowali kościół i dom zakonny. Ze względu na różnice kulturowe, skupili się przede wszystkim na poznawaniu obyczajów, a dopiero potem na ewangelizacji. Pierwszy chrzest odbył się pod koniec roku, a konwertytą był ubogi lekarz. W ciągu sześciu lat udało mu się ochrzcić tylko około 80 osób. 15 sierpnia 1589 roku nowy wicekról nakazał zakonnikom opuścić miasto. Pozwolono im jednak zostać w Chinach i 26 sierpnia 1589 roku Ricci z towarzyszami przeniósł się do Shaoguan, gdzie zmienił sposób ewangelizacji – głosił kazania głównie wśród uczonych mnichów buddyjskich, zamiast wśród ludu. Doprowadziło to do ochrzczenia dziesięciu osób w krótkim czasie. Wkrótce potem dwóch towarzyszy Mattea zmarło na malarię i Ricci pozostał sam. Jakiś czas później założył kolejny dom zakonny w Nanchang, a przebywając tam otrzymał zaproszenie jako towarzysz członka narady wojennej, który miał udać się na dwór cesarski. Ostatecznie Chińczyk wycofał się z propozycji, obawiając się, że jezuita może zostać uznany za szpiega.