Na skutek decyzji cesarza w kraju wybuchły zamieszki wśród ludności broniącej rodzimej tradycji. Susnyjos I porzucił katolicyzm i zrzekł się władzy, zaś w 1633 roku jezuici zostali wygnani. W następnych latach Etiopia izolowała się od wpływów europejskich.
Rozpad państwa i ponowne zjednoczenie Pomiędzy XVIII a XIX wiekiem w Etiopii dochodziło do zamieszek i rozpadu kraju na niezależne państwa. Dalszy rozpad zakończył się po objęciu władzy przez cesarza Teodora II, panującego w latach 1855–1868. Teodor II podbił i zjednoczył środkową i północną część kraju, przeprowadził reformę podatkową, ograniczył handel niewolnikami, budował drogi, modernizował wojskowo oraz planował wyparcie muzułmanów z wybrzeży Morza Czerwonego. Teodor II chciał zawiązać współpracę z Wielką Brytanią, ale zawiódłszy się uwięził jej przedstawiciela razem z grupą Europejczyków. Na skutek kryzysu do Etiopii została wysłana ekspedycja pod wodzą Roberta Napiera. Brytyjczycy zdołali zdobyć stolicę Etiopii Mekdelę. Następca Teodora II Jan IV, panujący w latach 1872–1889, starał się utrzymać jedność kraju i dążył do unifikacji jej regionów. Jan IV walczył z plemionami Oromo, mahdystami i Egiptem. Po śmierci Jana IV w jednej z bitew z Egiptem władzę kraju objął Menelik II.