W związku z tą opinią i na podstawie wizytacji kanonicznej w Pustelni Niepokalanów, metropolita krakowski ograniczył mu możliwości działania duszpasterskiego, nakazując między innymi zakończenie posługi duszpasterskiej prowadzonej w Pustelni Niepokalanów w Grzechyni oraz zabronił publicznych wystąpień i rozpowszechniania w jakiejkolwiek formie wystąpień nowych i archiwalnych.

Pomimo wielu zakazów i krytycznych wypowiedzi hierarchów kościelnych na jego temat, nadal prowadzi swoją działalność duszpasterską, m.in. krytykując komisje teologiczne. 23 maja 2011 r. arcybiskup krakowski z biskupami pomocniczymi wydali „Oświadczenie w sprawie działalności ks. Piotra Natanka”, w którym kolejny raz skrytykowano jego działalność oraz przestrzeżono wiernych przed jego poglądami. Biskupi stwierdzili, że włączanie się w działania ks. Natanka „może prowadzić do rozbicia kościelnej jedności, a nawet do oderwania się od wspólnoty wierzących”.