Nałożenie kary suspensy 20 lipca 2011 metropolita krakowski, kard. Stanisław Dziwisz, nałożył na ks. Natanka karę suspensy, która zawiesza go w sprawowaniu funkcji kapłańskich i władzy rządzenia. Suspensa jest wynikiem nieposłuszeństwa ks. Natanka wobec swojego biskupa, kardynała Dziwisza, m.in. uporczywego niestosowania się do upomnień, niewywiązania się ze złożonych deklaracji, a także głoszenia poglądów niezgodnych z nauką Kościoła.
Mimo kary suspensy ks. Natanek sprawuje liturgię oraz publicznie wypowiedział posłuszeństwo kard. Dziwiszowi. Porównał się do ekskomunikowanego arcybiskupa Marcela Lefebvre i wyświęconych przez niego biskupów (z których ekskomunikę zdjął papież Benedykt XVI), a swoje nieposłuszeństwo względem kard. Dziwisza uzasadnił m.in. przekonaniem o jego kontaktach z masonerią. Sakrament Eucharystii sprawowany przez suspendowanego ks. Natanka jest ważny ex opere operato, chociaż sprawowany jest niegodziwie. Nie są natomiast ważne udzielane podczas spowiedzi rozgrzeszenia (z wyjątkiem bezpośredniego zagrożenia życia) oraz małżeństwa. Do ważności tych sakramentów konieczna jest jurysdykcja właściwego biskupa.
26 sierpnia 2011 solidarność z kard. Dziwiszem w podejmowanych przez niego krokach dyscyplinarnych wobec ks.