Jednakże wkrótce entuzjazm ojca dla poczynań Jonathana znacznie osłabł.
Po rozpoczęciu nauki szkolnej Jonathan odniósł szereg porażek towarzyskich. Odrzucenie przez innych i przemoc jakiej doświadczył w szkole potęgowała u niego poczucie samotności i rozpaczy. Jego jedynym pocieszeniem był czas jaki spędzał w sklepie muzycznym ojca. Często zaczepiał tam nauczycieli muzyki, którzy pokazywali mu podstawy gry na wielu instrumentach, m.in. na pianinie, kontrabasie, skrzypcach i klarnecie.
Wkrótce Rick Davis powtórnie się ożenił. Macocha młodego Davisa była, zdaniem samego Jonathana, "kwintesencją wszystkich niegodziwych macoch, typem kobiety, która krzyczała za to, że wrócił ze szkoły".
Pomimo że ojciec Davisa spotkał niegdyś ojca Reggiego "Fieldy" Arvizu i grał z nim w zespole, nie doszło do spotkania Reggiego z Jonathanem aż do czasów szkoły średniej, kiedy poznał również Briana "Heada" Welcha. Mimo że Jonathan nie znał wówczas jeszcze Davida Silverii i Jamesa "Munky’ego" Shaffera, to oni kojarzyli jego, gdyż obaj "dziwnym trafem" umawiali się na randki z jego siostrą.