Jednakże po tym, jak zostaje on odcięty od swojego oddziału, zmuszony zostaje do współpracy z personelem ośrodka w swojej próbie wydostania się z kompleksu.
Historia Opposing Force zaczyna się od sceny, w której Shephard, wraz ze swoim oddziałem, znajduje się na pokładzie lecącego w formacji śmigłowca V-22 Osprey. Zirytowani żołnierze rozmawiają na temat tego, że nie powiedziano im, gdzie i w jakim celu zostali wysłani. Jednak gdy zbliżają się do strefy lądowania w Black Mesie, śmigłowce zostają zaatakowane przez latającą istotę ze świata Obcych, która zmusza maszynę Shepharda do awaryjnego lądowania. Bohater odzyskuje świadomość w punkcie medycznym kompleksu Black Mesa, gdzie znajdował się pod opieką naukowców, którzy informują go, że żołnierze HECU zostali rozbici przez Obcych ze świata Xen i otrzymali rozkaz wycofania się. Shephard decyduje się wyruszyć na miejsce zbiórki pozostałych przy życiu sił, skąd ma zostać ewakuowany na pokładzie śmigłowca. Na przeszkodzie staje mu jednak tajemniczy G-Man, który zamyka przed nim bramę prowadzącą na lądowisko.