thumb|left|Zmiennowirnikowiec wojskowy typu V-22 Osprey Pozostali żołnierze, którzy również nie zdołali się ewakuować z Black Mesy, decydują się na współpracę z Shephardem w próbie przedarcia się do innego punktu zbiórki w pobliskim zespole laboratoryjnym Lambda Complex. Jednak w drodze do celu zostają zaatakowani przez członków innej tajnej jednostki, której zadaniem jest opanowanie sytuacji w ośrodku i wyeliminowanie wszystkich pozostałych przy życiu świadków. Shephardowi udaje się dotrzeć do laboratoriów Lambda Complex, gdzie przez chwilę widzi teleportującego się do świata Xen Gordona Freemana z ostatnich scen oryginalnego Half-Life. Aby wydostać się z opanowanej przez Obcych komory teleportacyjnej, Shephard zmuszony jest do otwarcia odrębnego portalu, który na krótko przenosi go do Xen, a następnie do zupełnie innej części ośrodka. Kompleks, do którego zostaje przeniesiony główny bohater jest poważnie zniszczony, co spowodowane jest miejscową inwazją całkowicie odrębnej rasy Obcych, tzw. Rasy X, która wykorzystała chaos związany z otwarciem portalu między wymiarami, aby przedostać się na Ziemię. Rasa ta jest wrogo nastawiona zarówno do ludzi, jak i istot ze świata Xen, co przejawia się we wzajemnej walce Obcych na terenie Black Mesy.