Shephard stara się uniknąć bezpośredniej z nimi konfrontacji, ale od jednego z ochroniarzy dowiaduje się, że coś wielkiego próbuje przedostać się przez portal i blokuje drogę ucieczki.
Dotarłszy do portalu, Shephard odkrywa, że próbuje się przez niego przedostać wielki potwór przypominający glistę, który umożliwia inwazję stworzeniom Rasy X. Głównemu bohaterowi udaje się zabić stwora, jednak zaraz potem zostaje teleportowany przez G-Mana do jednego ze śmigłowców typu Osprey. Gdy gratuluje on Shephardowi jego dokonań, w tle widoczny jest wybuch ładunku jądrowego, który niszczy ośrodek Black Mesa. Gra kończy się zatrzymaniem Shepharda w pewnego rodzaju zawieszeniu przestrzenno-czasowym, gdzie nie będzie mógł powiedzieć nikomu o tym co widział, ani nikt go nie skrzywdzi, do czasu jego dalszej oceny.
Rozgrywka