Do walki z nową rasą kosmitów szybko włączają się również członkowie tajnej jednostki rządowej operującej na terenie kompleksu.
Shephard natrafia wkrótce na więcej porzuconych w zrujnowanej bazie żołnierzy HECU, wraz z którymi próbuje się przebić przez magazyny należące do kompleksu Black Mesa, aby dotrzeć do kolejnego punktu ewakuacyjnego. Na swojej drodze napotyka jednak silny opór ze strony Rasy X oraz czarnych komandosów. Ocalały pracownik służby ochrony kompleksu wyjawia Shephardowi, że komandosi z tajnej jednostki zamierzają zdetonować w bazie taktyczny ładunek jądrowy, aby doprowadzić do jej całkowitego zniszczenia i śmierci wszystkich w jej wnętrzu. Po zabiciu ochraniających bombę czarnych komandosów, Shephard rozbraja ładunek i udaje się z zamiarem ucieczki do pobliskich magazynów. Jednakże, po odejściu głównego bohatera, G-Man ponownie uzbraja bombę. Po dotarciu do magazynów, okazuje się, że trwają tam zaciekłe walki pomiędzy stworzeniami z Rasy X a członkami czarnej jednostki komandosów.