Po opuszczeniu przez ten oddział terenów Pomorza ich miejsce zajęli funkcjonariusze gdańskiego Einsatzkommando 16.
Od samego początku w tamtejszym obozie dla internowanych funkcjonowała specjalna trzyosobowa komisja, która przesłuchiwała więźniów i decydowała o ich losie. W skład komisji wchodzili: naczelnik więzienia, prokurator nazwiskiem Schultz (obaj przybyli z Bydgoszczy) oraz Steckmann – właściciel majątku ziemskiego w pobliskiej Stopce. Ich celem było jak najszybsze opróżnienie przepełnionego koronowskiego więzienia. Część więźniów zwalniano, część wywożono do obozów koncentracyjnych (głównie Dachau i Mauthausen-Gusen), a pozostałych mordowano w pobliskich lasach pod Buszkowem. Liczba zatrzymanych ulegała z tego powodu stałym zmianom.
Powstanie regularnego więzienia Na początku listopada 1939 obóz został częściowo przejęty przez niemiecką służbę więzienną podlegającą ministerstwu sprawiedliwości Rzeszy. 50 ocalałych więźniów obozu dla internowanych, przetrzymywanych w odizolowanych celach, pozostawało przez pewien czas do dyspozycji bydgoskiego Gestapo. 11 stycznia 1940 wszystkich wywieziono do obozu koncentracyjnego Stutthof.